Bald nach der Gründung des Klosters im Jahr 1073 wurde mit dem Bau einer großen Stiftskirche begonnen. Die Basilika war kreuzförmig, der Kampanile freistehend; sonstige Daten zum Bau sind nicht überliefert. Bei einem Brand des Klosters im Jahr 1262 wurde auch das Kirchengebäude zum Teil zerstört. Der Bischof Landulph von Brixen gewährte 1298 einen Ablass, um eine Erneuerung zu fördern. Bei einem weiteren großen Feuer wurde die Kirche noch einmal erheblich beschädigt, danach unterstützte Kaiser Ludwig der Bayer den Wiederaufbau. Drei Altäre, die in der Vorhalle standen, wurden 1345 geweiht. Der Kirchturm stürzte 1417 ein, Propst Georg Neumayr ließ den Turm wieder aufbauen. Unter dem Propst erlebten Stift und Ort eine neue Blüte; er schloss mit einem Meister Hansen einen Vertrag über den Umbau des Querschiffes und des Chores. Die beiden Altäre des Querschiffes, die dem Patrozinium der Heiligen Johann und Stephan unterstellt waren, wurden am 13. und 14. August 1468 zusammen mit dem neuen Chor geweiht. Während der Amtszeit des Propstes Petrus Tagyscher von 1472 bis 1480 wurde der Bau des Langhauses vollendet und zusammen mit acht Altären konsekriert. In der Zeit des Propstes Wolfgang Perkhofer (1582–1611) wurden die Kapellen St. Veith und Heilig-Blut erneuert und die Rochuskirche gebaut. Das Altenmünster wurde vergrößert und es wurde noch einmal eine neue Orgel angeschafft. In der Zeit von 1611 bis 1663 wurde unter Federführung Michael Piscators der gotische Lettner entfernt. Unter Propst Augustin Oberst wurden von 1693 bis 1690 die Josefskapelle im Norden und die Frauenbrünnerlkapelle gebaut. Von 1690 bis 1700 wurde, nach Plänen des Antonio Riva, das Kloster umfangreich neu gebaut. Der Propst Patritius Oswald (1700 bis 1740) veranlasste die Neufassung der Altäre im Langhaus. Neue Altäre für die Querschiffe wurden 1716 gebaut und danach wurden für alle zu der Zeit vorhandenen Altäre neue Gemälde angefertigt. Der Klosterbaumeister Joseph Schmuzer aus Wessobrunn ließ die Gebäude im Stil des Rokoko ausstatten. Von 1737 bis 1738 wurden der Chor und das Querschiff mit Stuck versehen und von Matthäus Günther ausgemalt; 1739 wurde eine Sakristei gebaut. Das Langhaus wurde 1741 während der Zeit des Propstes Prasser ausgeschmückt, die Josephskapelle folgte 1744. Ursprünglich war für die Kirche eine Fassade mit zwei Türmen geplant, allerdings wurde dem Turm von 1781 bis 1782 ein neuer Kuppelhelm aufgesetzt. Im Obergeschoss der zur selben Zeit gebauten Vorhalle wurde die Katharinakapelle eingerichtet.
Während der Säkularisation wurden große Teile der Kirchenschätze geraubt, die Gebäude des Klosters und die Nebenkirchen versteigert und danach abgebrochen. Die Stiftskirche wurde vor dem Abbruch bewahrt. Der Johannisaltar, sowie zwei Seitenaltäre wurden 1807 nach Peiting veräußert, das barocke Chorgestühl entfernt.
Von 1961 bis 1963 wurde die Kirche umfangreich innen und außen restauriert. Die Neuausmalung des Innenraumes und der Einrichtung nahm der Kirchenmaler H. Mayrhofer nach Weisung des Landesamtes vor. Der Kunstmaler A. Dasser reinigte die Fresken und besserte sie aus.

Quelle: https://de.wikipedia.org/wiki/Mari%C3%A4_Geburt_(Rottenbuch)